LOCUS       helices       471 bp
DEFINITION  helices       400 bp, 471 bases, DDFAA525 checksum.
ORIGIN      
       1  <---Pi---- -><-Pii->- <-Piii---> -Liii-<--- -Piii->CRi
      51  -<--Piv--> <Pv->---<- Pvi->--<Pv ii>Pviii-- ---Pviii<P
     101  ix->-Lix<- -Pix>Px--- <Pxi>-CRii ------<--- -Pxii-----
     151  ---------- ---->----< ---------- ----P-xii- --->-CRiii
     201  -<Pxiii-Lx iii-Pxiii> -<---Pxiv- ->----<--P xiv---->-<
     251  -Pxi->PxPx ii>--<-Pv> ---<Pxv--- ---<-Pxvi- ---->---<-
     301  Pvi->----< -----Pxvi- >--------- ------Pxv> ------<Pxv
     351  iii>-----< Pxviii>--C Riv----<-P ii->-<---- -Pxix-----
     401  ->------Lx ix-------< ---------P xix------> --CRv-<--P
     451  iv->--<--- Pi---->--- -
//
LOCUS       pairing_mask       471 bp
DEFINITION  pairing_mask       400 bp, 471 bases, C057C0E9 checksum.
ORIGIN      
       1  ((((((((-( (((((((((- (((((((((( ------)))) -))))))---
      51  -[[[-[[[[[ (((((---[[ [[[[[[-((( -(((((((-- ---)))))((
     101  ((((----)) )))-)((--- (((((----- ------(((( (((----(((
     151  ((((------ -((((----) )))---)))) ))-))-)))) --))------
     201  -((((((--- ----)))))) -(-((((((( ((----)))) ))-)-)))-)
     251  ))--)))))) )))--))))) ---((((--- ---((((((( (((((---]]
     301  ]]]]]----) )))))))))) )--------- ------)))) ------((((
     351  ((((-----) )))))))--- -------))) ))))-(((-- (--((((((-
     401  -((((((--- ----)))))) --)-))---) ))--)--))) ------]]]]
     451  ]]]]--)))) )))))))--- -
//
LOCUS       C.paradoxa-cyanelle       471 bp
DEFINITION  C.paradoxa-cyanelle       400 b, 471 bases, 456A68BB checksum.
ORIGIN      
       1  CGAAUUU-AA UUAAUGAUUA CAGAUU---- UAUUC----- -AAUCUGAGG
      51  AAAGUCCGGG CUCCUA--UA AAGGUUAGAA UUGCUGGGUA AUUCCCAGUA
     101  CGA-GAUA-U CGUGAGGAUA GUGCCACAGA AAAACACCGC UUA-------
     151  ---------- --AAAAUA-U UU-------- ----U-AAGU AAGGGUGCAA
     201  AGGCUUGGUU AAAGCAAACC ---AGUUAGA UUUCAAAAUC UAUA-CU-UA
     251  GUAAACCCCG UUC--AGGAG CAAAGU-UUA GC-GGAAAGU AA----UUAA
     301  CCUUU----- --UUUCUUUC CUUAUAUUUA UUUUUU-ACU GCUAGAAAAA
     351  UUGAGU-AAU UAAUUUUGAA GACAGAUAAU CAUU-UU--- ----------
     401  ---------A U--------- ---------- --------AA ACAAAACCCG
     451  GCUUAAAAUU AAGUUCGUUU U
//
LOCUS       P.purpurea-chloroplast       471 bp
DEFINITION  P.purpurea-chloroplast       40, 471 bases, 323A08BD checksum.
ORIGIN      
       1  -AAGUAAACG UAGAUAGCUG CAGAUUUG-- AUUUAA--UA UAGUCUGAGG
      51  AAAGUCCGGG CUCC-AC--A AAUACAAUUU GUGCUGGAAA AACCCCAGUG
     101  UAG-GAAA-C UAUGAGGAAC GUGCCACAGA AAUAAACCGC CAGAACA---
     151  ---------- --AAUUAU-G UU-AG----- ----C-UGGU AAGGGUGCAA
     201  AGGUAAGUUA AAAGCUUACC ---AAAAAUA CUGUAAAGUA UU-UGUU-AG
     251  GUAAACCCCA AAAAC-GGAG CAAAGCGACU AAAUAAAUUU UU------UG
     301  UAUU-UUUC- --AGUAGUUU AGUCU----- --AAAAUACU GCAUGAAGUU
     351  AUUGGC-AAC AAUAACUCUA GAGGAAUAGC UAUC-CUU-- CGAAAUACU-
     401  -U------GU GC-------A --AUGU---A UUCGG--AGA ACAGAACCCG
     451  GCUU-AUGUA GUACUU-UUU A
//
LOCUS       N.olivacea-chloroplast       471 bp
DEFINITION  N.olivacea-chloroplast, 471 bases, 7A47617 checksum.
ORIGIN      
       1  ..CUCAAGCA AAG-CGAUUG CAGAGCAACU -AGA--AGAU -GCUCUGAGG
      51  AAAGUCCGGG CUCCCUAA-- CUAUUCCAGC -UGCUGGAUA AUUUCCAGUG
     101  UGAU-AUAAU CACGAGGAAA GUGCCACAGA AAGAAACCAA UCA----AAU
     151  CUCCAUCGAA UGGCUCACAA GCUCUAGGAG AUCUUGGAUU --GGGUGCAA
     201  A--------- ---------- UGUAUUCUUG ACGUGAGUUA AG-C-GUCUG
     251  GUAUACCCCA GUC--GGGAG CAAGAUG--- ---AGGUUAG UUUAUAGAGA
     301  AUAG-ACC-A UAGACUAAUC UAU------- ----UCCAUU GCUCGAGAGG
     351  GUUCAUACAG AACUCUC-CA AUCAGAUAAU CU-CCACACC U--CUCAGGA
     401  CCAAGCUAGA AACCAGUUUG AGC-CUCUCG AG--AUUUGU ACCGAACCCG
     451  GCUUAUUUCU UGAG...... .
//