383 ENERGY = 0 P.purpurea-chloroplast RNase P RNA
    1 A       0    2  379    1
    2 A       1    3  378    2
    3 G       2    4  377    3
    4 U       3    5  376    4
    5 A       4    6  375    5
    6 A       5    7  374    6
    7 A       6    8  373    7
    8 C       7    9    0    8
    9 G       8   10  372    9
   10 U       9   11  371   10
   11 A      10   12  370   11
   12 G      11   13  323   12
   13 A      12   14  322   13
   14 U      13   15  321   14
   15 A      14   16  320   15
   16 G      15   17  319   16
   17 C      16   18  318   17
   18 U      17   19  317   18
   19 G      18   20    0   19
   20 C      19   21   42   20
   21 A      20   22   41   21
   22 G      21   23   40   22
   23 A      22   24   39   23
   24 U      23   25   38   24
   25 U      24   26   37   25
   26 U      25   27   35   26
   27 G      26   28   34   27
   28 A      27   29    0   28
   29 U      28   30    0   29
   30 U      29   31    0   30
   31 U      30   32    0   31
   32 A      31   33    0   32
   33 A      32   34    0   33
   34 U      33   35   27   34
   35 A      34   36   26   35
   36 U      35   37    0   36
   37 A      36   38   25   37
   38 G      37   39   24   38
   39 U      38   40   23   39
   40 C      39   41   22   40
   41 U      40   42   21   41
   42 G      41   43   20   42
   43 A      42   44    0   43
   44 G      43   45    0   44
   45 G      44   46    0   45
   46 A      45   47    0   46
   47 A      46   48    0   47
   48 A      47   49    0   48
   49 G      48   50    0   49
   50 U      49   51    0   50
   51 C      50   52    0   51
   52 C      51   53    0   52
   53 G      52   54    0   53
   54 G      53   55    0   54
   55 G      54   56    0   55
   56 C      55   57  227   56
   57 U      56   58  226   57
   58 C      57   59  225   58
   59 C      58   60  224   59
   60 A      59   61    0   60
   61 C      60   62    0   61
   62 A      61   63    0   62
   63 A      62   64    0   63
   64 A      63   65    0   64
   65 U      64   66    0   65
   66 A      65   67    0   66
   67 C      66   68    0   67
   68 A      67   69    0   68
   69 A      68   70    0   69
   70 U      69   71  221   70
   71 U      70   72  220   71
   72 U      71   73  219   72
   73 G      72   74    0   73
   74 U      73   75  218   74
   75 G      74   76  217   75
   76 C      75   77   90   76
   77 U      76   78   89   77
   78 G      77   79   88   78
   79 G      78   80   87   79
   80 A      79   81   86   80
   81 A      80   82    0   81
   82 A      81   83    0   82
   83 A      82   84    0   83
   84 A      83   85    0   84
   85 C      84   86    0   85
   86 C      85   87   80   86
   87 C      86   88   79   87
   88 C      87   89   78   88
   89 A      88   90   77   89
   90 G      89   91   76   90
   91 U      90   92  105   91
   92 G      91   93  103   92
   93 U      92   94  102   93
   94 A      93   95  101   94
   95 G      94   96  100   95
   96 G      95   97    0   96
   97 A      96   98    0   97
   98 A      97   99    0   98
   99 A      98  100    0   99
  100 C      99  101   95  100
  101 U     100  102   94  101
  102 A     101  103   93  102
  103 U     102  104   92  103
  104 G     103  105    0  104
  105 A     104  106   91  105
  106 G     105  107  216  106
  107 G     106  108  215  107
  108 A     107  109    0  108
  109 A     108  110    0  109
  110 C     109  111    0  110
  111 G     110  112  214  111
  112 U     111  113  213  112
  113 G     112  114  210  113
  114 C     113  115  209  114
  115 C     114  116  208  115
  116 A     115  117    0  116
  117 C     116  118    0  117
  118 A     117  119    0  118
  119 G     118  120    0  119
  120 A     119  121    0  120
  121 A     120  122    0  121
  122 A     121  123    0  122
  123 U     122  124    0  123
  124 A     123  125    0  124
  125 A     124  126    0  125
  126 A     125  127    0  126
  127 C     126  128  157  127
  128 C     127  129  156  128
  129 G     128  130  153  129
  130 C     129  131  152  130
  131 C     130  132  151  131
  132 A     131  133  150  132
  133 G     132  134  149  133
  134 A     133  135    0  134
  135 A     134  136    0  135
  136 C     135  137    0  136
  137 A     136  138    0  137
  138 A     137  139  146  138
  139 A     138  140  145  139
  140 U     139  141  144  140
  141 U     140  142    0  141
  142 A     141  143    0  142
  143 U     142  144    0  143
  144 G     143  145  140  144
  145 U     144  146  139  145
  146 U     145  147  138  146
  147 A     146  148    0  147
  148 G     147  149    0  148
  149 C     148  150  133  149
  150 U     149  151  132  150
  151 G     150  152  131  151
  152 G     151  153  130  152
  153 U     152  154  129  153
  154 A     153  155    0  154
  155 A     154  156    0  155
  156 G     155  157  128  156
  157 G     156  158  127  157
  158 G     157  159    0  158
  159 U     158  160    0  159
  160 G     159  161    0  160
  161 C     160  162    0  161
  162 A     161  163    0  162
  163 A     162  164    0  163
  164 A     163  165    0  164
  165 G     164  166  183  165
  166 G     165  167  182  166
  167 U     166  168  181  167
  168 A     167  169  180  168
  169 A     168  170  179  169
  170 G     169  171  178  170
  171 U     170  172    0  171
  172 U     171  173    0  172
  173 A     172  174    0  173
  174 A     173  175    0  174
  175 A     174  176    0  175
  176 A     175  177    0  176
  177 G     176  178    0  177
  178 C     177  179  170  178
  179 U     178  180  169  179
  180 U     179  181  168  180
  181 A     180  182  167  181
  182 C     181  183  166  182
  183 C     182  184  165  183
  184 A     183  185  206  184
  185 A     184  186  205  185
  186 A     185  187  203  186
  187 A     186  188  202  187
  188 A     187  189  201  188
  189 U     188  190  200  189
  190 A     189  191  199  190
  191 C     190  192  198  191
  192 U     191  193  197  192
  193 G     192  194    0  193
  194 U     193  195    0  194
  195 A     194  196    0  195
  196 A     195  197    0  196
  197 A     196  198  192  197
  198 G     197  199  191  198
  199 U     198  200  190  199
  200 A     199  201  189  200
  201 U     200  202  188  201
  202 U     201  203  187  202
  203 U     202  204  186  203
  204 G     203  205    0  204
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  210 U     209  211  113  210
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  212 A     211  213    0  212
  213 A     212  214  112  213
  214 C     213  215  111  214
  215 C     214  216  107  215
  216 C     215  217  106  216
  217 C     216  218   75  217
  218 A     217  219   74  218
  219 A     218  220   72  219
  220 A     219  221   71  220
  221 A     220  222   70  221
  222 A     221  223    0  222
  223 C     222  224    0  223
  224 G     223  225   59  224
  225 G     224  226   58  225
  226 A     225  227   57  226
  227 G     226  228   56  227
  228 C     227  229    0  228
  229 A     228  230    0  229
  230 A     229  231    0  230
  231 A     230  232  280  231
  232 G     231  233  279  232
  233 C     232  234  278  233
  234 G     233  235  277  234
  235 A     234  236    0  235
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  241 U     240  242  268  241
  242 A     241  243  267  242
  243 A     242  244  266  243
  244 A     243  245  265  244
  245 U     244  246  264  245
  246 U     245  247  263  246
  247 U     246  248  262  247
  248 U     247  249  261  248
  249 U     248  250  260  249
  250 U     249  251    0  250
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  252 U     251  253    0  252
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  259 C     258  260    0  259
  260 A     259  261  249  260
  261 G     260  262  248  261
  262 U     261  263  247  262
  263 A     262  264  246  263
  264 G     263  265  245  264
  265 U     264  266  244  265
  266 U     265  267  243  266
  267 U     266  268  242  267
  268 A     267  269  241  268
  269 G     268  270    0  269
  270 U     269  271    0  270
  271 C     270  272    0  271
  272 U     271  273    0  272
  273 A     272  274    0  273
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  276 A     275  277    0  276
  277 U     276  278  234  277
  278 A     277  279  233  278
  279 C     278  280  232  279
  280 U     279  281  231  280
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  282 C     281  283    0  282
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  290 U     289  291  303  290
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  292 U     291  293  301  292
  293 U     292  294  300  293
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  299 C     298  300  294  299
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  302 U     301  303  291  302
  303 A     302  304  290  303
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  313 G     312  314    0  313
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  323 C     322  324   12  323
  324 C     323  325  354  324
  325 U     324  326  353  325
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  327 C     326  328  351  327
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  331 A     330  332  347  331
  332 U     331  333  346  332
  333 A     332  334  345  333
  334 C     333  335  344  334
  335 U     334  336  342  335
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  383 A     382    0    0  383