354 ENERGY = 0 P.fluorescens RNase P RNA
    1 A       0    2  350    1
    2 G       1    3  349    2
    3 A       2    4  348    3
    4 G       3    5  347    4
    5 U       4    6  346    5
    6 C       5    7  345    6
    7 G       6    8  344    7
    8 A       7    9  343    8
    9 U       8   10  342    9
   10 U       9   11  341   10
   11 G      10   12  339   11
   12 G      11   13  319   12
   13 A      12   14  318   13
   14 C      13   15  317   14
   15 A      14   16  316   15
   16 G      15   17  315   16
   17 U      16   18  314   17
   18 C      17   19  313   18
   19 G      18   20    0   19
   20 C      19   21   46   20
   21 U      20   22   45   21
   22 G      21   23   44   22
   23 C      22   24   43   23
   24 C      23   25   42   24
   25 C      24   26   41   25
   26 U      25   27   40   26
   27 C      26   28   39   27
   28 U      27   29   38   28
   29 A      28   30   36   29
   30 U      29   31   35   30
   31 G      30   32    0   31
   32 A      31   33    0   32
   33 A      32   34    0   33
   34 A      33   35    0   34
   35 A      34   36   30   35
   36 U      35   37   29   36
   37 U      36   38    0   37
   38 A      37   39   28   38
   39 G      38   40   27   39
   40 G      39   41   26   40
   41 G      40   42   25   41
   42 G      41   43   24   42
   43 G      42   44   23   43
   44 G      43   45   22   44
   45 G      44   46   21   45
   46 G      45   47   20   46
   47 A      46   48    0   47
   48 G      47   49    0   48
   49 G      48   50    0   49
   50 A      49   51    0   50
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   52 A      51   53    0   52
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   57 G      56   58    0   57
   58 G      57   59    0   58
   59 G      58   60    0   59
   60 C      59   61  225   60
   61 U      60   62  224   61
   62 C      61   63  223   62
   63 C      62   64  222   63
   64 A      63   65    0   64
   65 U      64   66    0   65
   66 A      65   67    0   66
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   69 G      68   70    0   69
   70 C      69   71    0   70
   71 G      70   72    0   71
   72 A      71   73  221   72
   73 A      72   74  220   73
   74 G      73   75  219   74
   75 U      74   76  218   75
   76 G      75   77  217   76
   77 C      76   78   91   77
   78 C      77   79   90   78
   79 A      78   80   89   79
   80 G      79   81   88   80
   81 G      80   82   87   81
   82 U      81   83    0   82
   83 A      82   84    0   83
   84 A      83   85    0   84
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   86 G      85   87    0   86
   87 C      86   88   81   87
   88 C      87   89   80   88
   89 U      88   90   79   89
   90 G      89   91   78   90
   91 G      90   92   77   91
   92 G      91   93  106   92
   93 G      92   94  104   93
   94 G      93   95  103   94
   95 G      94   96  102   95
   96 C      95   97  101   96
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   98 U      97   99    0   98
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  102 C     101  103   95  102
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  106 C     105  107   92  106
  107 G     106  108  216  107
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  110 A     109  111    0  110
  111 A     110  112    0  111
  112 G     111  113  214  112
  113 U     112  114  213  113
  114 G     113  115  210  114
  115 C     114  116  209  115
  116 C     115  117  208  116
  117 A     116  118    0  117
  118 C     117  119    0  118
  119 A     118  120    0  119
  120 G     119  121    0  120
  121 A     120  122    0  121
  122 A     121  123    0  122
  123 A     122  124    0  123
  124 A     123  125    0  124
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  127 A     126  128    0  127
  128 C     127  129  155  128
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  130 G     129  131  151  130
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  132 C     131  133  149  132
  133 U     132  134    0  133
  134 A     133  135    0  134
  135 A     134  136    0  135
  136 G     135  137  147  136
  137 C     136  138  146  137
  138 A     137  139  145  138
  139 C     138  140  144  139
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  142 C     141  143    0  142
  143 G     142  144    0  143
  144 G     143  145  139  144
  145 U     144  146  138  145
  146 G     145  147  137  146
  147 C     146  148  136  147
  148 C     147  149    0  148
  149 G     148  150  132  149
  150 G     149  151  131  150
  151 U     150  152  130  151
  152 A     151  153    0  152
  153 A     152  154    0  153
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  155 G     154  156  128  155
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  157 U     156  158    0  157
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  160 A     159  161    0  160
  161 A     160  162    0  161
  162 A     161  163    0  162
  163 G     162  164  181  163
  164 G     163  165  180  164
  165 U     164  166  179  165
  166 G     165  167  178  166
  167 C     166  168  177  167
  168 G     167  169  176  168
  169 G     168  170    0  169
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  176 C     175  177  168  176
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  180 C     179  181  164  180
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  182 G     181  183  205  182
  183 C     182  184  203  183
  184 A     183  185  202  184
  185 C     184  186  201  185
  186 G     185  187  200  186
  187 A     186  188  199  187
  188 C     187  189  197  188
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  192 C     191  193    0  192
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  194 A     193  195    0  194
  195 C     194  196  190  195
  196 A     195  197  189  196
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  199 U     198  200  187  199
  200 C     199  201  186  200
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  202 U     201  203  184  202
  203 G     202  204  183  203
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  216 C     215  217  107  216
  217 C     216  218   76  217
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  219 C     218  220   74  219
  220 U     219  221   73  220
  221 U     220  222   72  221
  222 G     221  223   63  222
  223 G     222  224   62  223
  224 A     223  225   61  224
  225 G     224  226   60  225
  226 C     225  227    0  226
  227 A     226  228    0  227
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  230 A     229  231  275  230
  231 C     230  232  274  231
  232 C     231  233  273  232
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  242 U     241  243  264  242
  243 C     242  244  263  243
  244 C     243  245  262  244
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  249 C     248  250  259  249
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  258 C     257  259  250  258
  259 G     258  260  249  259
  260 C     259  261  248  260
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  262 G     261  263  244  262
  263 G     262  264  243  263
  264 A     263  265  242  264
  265 A     264  266  241  265
  266 C     265  267  240  266
  267 C     266  268  239  267
  268 G     267  269    0  268
  269 G     268  270    0  269
  270 G     269  271    0  270
  271 U     270  272    0  271
  272 A     271  273    0  272
  273 G     272  274  232  273
  274 G     273  275  231  274
  275 U     274  276  230  275
  276 U     275  277  229  276
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  278 C     277  279    0  278
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  280 A     279  281    0  280
  281 A     280  282    0  281
  282 A     281  283    0  282
  283 G     282  284  302  283
  284 A     283  285  301  284
  285 U     284  286  300  285
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  290 A     289  291  295  290
  291 G     290  292    0  291
  292 U     291  293    0  292
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  297 G     296  298  288  297
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  299 C     298  300  286  299
  300 A     299  301  285  300
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  302 C     301  303  283  302
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  313 G     312  314   18  313
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  315 C     314  316   16  315
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  325 C     324  326    0  325
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  354 C     353    0    0  354