422 ENERGY = 0 M.bovis RNase P RNA
    1 C       0    2    0    1
    2 G       1    3    0    2
    3 G       2    4    0    3
    4 A       3    5    0    4
    5 C       4    6  418    5
    6 G       5    7  417    6
    7 A       6    8  416    7
    8 G       7    9  415    8
    9 U       8   10  414    9
   10 U       9   11  413   10
   11 G      10   12  412   11
   12 G      11   13  411   12
   13 C      12   14  410   13
   14 U      13   15  409   14
   15 G      14   16  407   15
   16 G      15   17  355   16
   17 G      16   18  354   17
   18 C      17   19  353   18
   19 G      18   20  352   19
   20 G      19   21  351   20
   21 C      20   22  350   21
   22 C      21   23  349   22
   23 G      22   24    0   23
   24 C      23   25   60   24
   25 G      24   26   59   25
   26 G      25   27   58   26
   27 C      26   28   57   27
   28 U      27   29   56   28
   29 U      28   30   55   29
   30 G      29   31   54   30
   31 U      30   32   52   31
   32 G      31   33   51   32
   33 U      32   34   50   33
   34 G      33   35   49   34
   35 G      34   36   48   35
   36 A      35   37   47   36
   37 U      36   38   46   37
   38 U      37   39   44   38
   39 C      38   40    0   39
   40 A      39   41    0   40
   41 C      40   42    0   41
   42 G      41   43    0   42
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   44 G      43   45   38   44
   45 G      44   46    0   45
   46 U      45   47   37   46
   47 U      46   48   36   47
   48 C      47   49   35   48
   49 A      48   50   34   49
   50 G      49   51   33   50
   51 C      50   52   32   51
   52 G      51   53   31   52
   53 U      52   54    0   53
   54 C      53   55   30   54
   55 G      54   56   29   55
   56 A      55   57   28   56
   57 G      56   58   27   57
   58 U      57   59   26   58
   59 C      58   60   25   59
   60 G      59   61   24   60
   61 A      60   62    0   61
   62 G      61   63    0   62
   63 G      62   64    0   63
   64 A      63   65    0   64
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   66 A      65   67    0   66
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   68 U      67   69    0   68
   69 C      68   70    0   69
   70 C      69   71    0   70
   71 G      70   72    0   71
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   73 A      72   74    0   73
   74 C      73   75  235   74
   75 U      74   76  234   75
   76 U      75   77  233   76
   77 C      76   78  232   77
   78 A      77   79    0   78
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   82 A      81   83    0   82
   83 G      82   84    0   83
   84 C      83   85    0   84
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   86 G      85   87  231   86
   87 G      86   88  230   87
   88 G      87   89  229   88
   89 U      88   90  228   89
   90 G      89   91  227   90
   91 A      90   92  105   91
   92 U      91   93  104   92
   93 U      92   94  103   93
   94 G      93   95  102   94
   95 C      94   96  101   95
   96 U      95   97    0   96
   97 A      96   98    0   97
   98 A      97   99    0   98
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  101 G     100  102   95  101
  102 C     101  103   94  102
  103 A     102  104   93  103
  104 A     103  105   92  104
  105 U     104  106   91  105
  106 C     105  107  120  106
  107 C     106  108  118  107
  108 G     107  109  117  108
  109 A     108  110  116  109
  110 G     109  111  115  110
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  113 G     112  114    0  113
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  115 C     114  116  110  115
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  117 C     116  118  108  117
  118 G     117  119  107  118
  119 C     118  120    0  119
  120 G     119  121  106  120
  121 G     120  122  226  121
  122 G     121  123  225  122
  123 A     122  124    0  123
  124 A     123  125    0  124
  125 A     124  126    0  125
  126 G     125  127  224  126
  127 U     126  128  223  127
  128 G     127  129  220  128
  129 C     128  130  219  129
  130 C     129  131  218  130
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  132 C     131  133    0  132
  133 A     132  134    0  133
  134 G     133  135    0  134
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  142 A     141  143    0  142
  143 C     142  144  165  143
  144 C     143  145  164  144
  145 G     144  146  161  145
  146 C     145  147  160  146
  147 C     146  148  159  147
  148 A     147  149  158  148
  149 U     148  150  157  149
  150 C     149  151  156  150
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  152 U     151  153    0  152
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  155 U     154  156    0  155
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  157 G     156  158  149  157
  158 U     157  159  148  158
  159 G     158  160  147  159
  160 G     159  161  146  160
  161 C     160  162  145  161
  162 A     161  163    0  162
  163 A     162  164    0  163
  164 G     163  165  144  164
  165 G     164  166  143  165
  166 G     165  167    0  166
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  172 C     171  173    0  172
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  174 G     173  175  190  174
  175 U     174  176  189  175
  176 G     175  177  188  176
  177 C     176  178  187  177
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  180 U     179  181    0  180
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  184 A     183  185    0  184
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  186 C     185  187  178  186
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  194 C     193  195  213  194
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  198 C     197  199  209  198
  199 C     198  200  208  199
  200 G     199  201  207  200
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  212 U     211  213  195  212
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  215 C     214  216  193  215
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  217 A     216  218    0  217
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  220 C     219  221  128  220
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  222 A     221  223    0  222
  223 A     222  224  127  223
  224 C     223  225  126  224
  225 C     224  226  122  225
  226 C     225  227  121  226
  227 C     226  228   90  227
  228 A     227  229   89  228
  229 C     228  230   88  229
  230 C     229  231   87  230
  231 C     230  232   86  231
  232 G     231  233   77  232
  233 A     232  234   76  233
  234 A     233  235   75  234
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  249 G     248  250  267  249
  250 C     249  251  266  250
  251 C     250  252  265  251
  252 G     251  253  264  252
  253 C     252  254  263  253
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  262 U     261  263  254  262
  263 G     262  264  253  263
  264 C     263  265  252  264
  265 G     264  266  251  265
  266 G     265  267  250  266
  267 C     266  268  249  267
  268 C     267  269  248  268
  269 G     268  270    0  269
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  272 C     271  273  302  272
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  276 C     275  277  298  276
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  282 A     281  283  296  282
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  324 C     323  325  333  324
  325 C     324  326  332  325
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  333 G     332  334  324  333
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  353 G     352  354   18  353
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  422 G     421    0    0  422