331 ENERGY = 0 C.hydrogenoformans RNase P RNA
    1 A       0    2    0    1
    2 A       1    3    0    2
    3 A       2    4    0    3
    4 A       3    5    0    4
    5 G       4    6    0    5
    6 C       5    7  327    6
    7 G       6    8  326    7
    8 A       7    9  325    8
    9 G       8   10  324    9
   10 U       9   11  323   10
   11 A      10   12  322   11
   12 A      11   13  321   12
   13 G      12   14  320   13
   14 C      13   15  319   14
   15 C      14   16  318   15
   16 G      15   17  316   16
   17 G      16   18  296   17
   18 A      17   19  295   18
   19 U      18   20  294   19
   20 G      19   21  293   20
   21 A      20   22  292   21
   22 C      21   23  291   22
   23 C      22   24  290   23
   24 G      23   25    0   24
   25 C      24   26   40   25
   26 G      25   27   39   26
   27 G      26   28   38   27
   28 G      27   29   37   28
   29 G      28   30   36   29
   30 A      29   31   35   30
   31 G      30   32    0   31
   32 A      31   33    0   32
   33 A      32   34    0   33
   34 A      33   35    0   34
   35 U      34   36   30   35
   36 C      35   37   29   36
   37 C      36   38   28   37
   38 C      37   39   27   38
   39 U      38   40   26   39
   40 G      39   41   25   40
   41 A      40   42    0   41
   42 G      41   43    0   42
   43 G      42   44    0   43
   44 A      43   45    0   44
   45 A      44   46    0   45
   46 A      45   47    0   46
   47 G      46   48    0   47
   48 U      47   49    0   48
   49 C      48   50    0   49
   50 C      49   51    0   50
   51 G      50   52    0   51
   52 A      51   53    0   52
   53 G      52   54    0   53
   54 C      53   55  201   54
   55 U      54   56  200   55
   56 C      55   57  199   56
   57 C      56   58  198   57
   58 A      57   59    0   58
   59 U      58   60    0   59
   60 A      59   61    0   60
   61 G      60   62    0   61
   62 G      61   63    0   62
   63 G      62   64    0   63
   64 C      63   65    0   64
   65 A      64   66    0   65
   66 G      65   67  197   66
   67 G      66   68  196   67
   68 A      67   69  195   68
   69 U      68   70  194   69
   70 G      69   71  193   70
   71 C      70   72   85   71
   72 C      71   73   84   72
   73 G      72   74   83   73
   74 G      73   75   82   74
   75 G      74   76   81   75
   76 U      75   77    0   76
   77 A      76   78    0   77
   78 A      77   79    0   78
   79 C      78   80    0   79
   80 G      79   81    0   80
   81 C      80   82   75   81
   82 C      81   83   74   82
   83 C      82   84   73   83
   84 G      83   85   72   84
   85 G      84   86   71   85
   86 U      85   87  100   86
   87 G      86   88   98   87
   88 G      87   89   97   88
   89 A      88   90   96   89
   90 G      89   91   95   90
   91 G      90   92    0   91
   92 C      91   93    0   92
   93 G      92   94    0   93
   94 A      93   95    0   94
   95 C      94   96   90   95
   96 U      95   97   89   96
   97 C      96   98   88   97
   98 C      97   99   87   98
   99 A      98  100    0   99
  100 A      99  101   86  100
  101 G     100  102  192  101
  102 G     101  103  191  102
  103 A     102  104    0  103
  104 A     103  105    0  104
  105 A     104  106    0  105
  106 G     105  107  190  106
  107 U     106  108  189  107
  108 G     107  109  186  108
  109 C     108  110  185  109
  110 C     109  111  184  110
  111 A     110  112    0  111
  112 C     111  113    0  112
  113 A     112  114    0  113
  114 G     113  115    0  114
  115 A     114  116    0  115
  116 A     115  117    0  116
  117 A     116  118    0  117
  118 C     117  119    0  118
  119 A     118  120    0  119
  120 A     119  121    0  120
  121 A     120  122    0  121
  122 C     121  123  133  122
  123 C     122  124  132  123
  124 G     123  125  129  124
  125 C     124  126  128  125
  126 C     125  127  127  126
  127 G     126  128  126  127
  128 G     127  129  125  128
  129 U     128  130  124  129
  130 A     129  131    0  130
  131 A     130  132    0  131
  132 G     131  133  123  132
  133 G     132  134  122  133
  134 G     133  135    0  134
  135 U     134  136    0  135
  136 G     135  137    0  136
  137 G     136  138    0  137
  138 A     137  139    0  138
  139 A     138  140    0  139
  140 A     139  141    0  140
  141 G     140  142  159  141
  142 G     141  143  158  142
  143 U     142  144  157  143
  144 G     143  145  156  144
  145 A     144  146  155  145
  146 G     145  147  154  146
  147 G     146  148    0  147
  148 U     147  149    0  148
  149 A     148  150    0  149
  150 A     149  151    0  150
  151 G     150  152    0  151
  152 A     151  153    0  152
  153 G     152  154    0  153
  154 C     153  155  146  154
  155 U     154  156  145  155
  156 C     155  157  144  156
  157 A     156  158  143  157
  158 C     157  159  142  158
  159 C     158  160  141  159
  160 A     159  161  182  160
  161 G     160  162  181  161
  162 C     161  163  179  162
  163 G     162  164  178  163
  164 G     163  165  177  164
  165 G     164  166  176  165
  166 C     165  167  175  166
  167 A     166  168  174  167
  168 G     167  169  173  168
  169 G     168  170    0  169
  170 U     169  171    0  170
  171 A     170  172    0  171
  172 A     171  173    0  172
  173 C     172  174  168  173
  174 U     173  175  167  174
  175 G     174  176  166  175
  176 U     175  177  165  176
  177 C     176  178  164  177
  178 C     177  179  163  178
  179 G     178  180  162  179
  180 G     179  181    0  180
  181 C     180  182  161  181
  182 U     181  183  160  182
  183 A     182  184    0  183
  184 G     183  185  110  184
  185 G     184  186  109  185
  186 C     185  187  108  186
  187 A     186  188    0  187
  188 A     187  189    0  188
  189 A     188  190  107  189
  190 C     189  191  106  190
  191 C     190  192  102  191
  192 C     191  193  101  192
  193 C     192  194   70  193
  194 A     193  195   69  194
  195 U     194  196   68  195
  196 C     195  197   67  196
  197 C     196  198   66  197
  198 G     197  199   57  198
  199 G     198  200   56  199
  200 A     199  201   55  200
  201 G     200  202   54  201
  202 C     201  203    0  202
  203 A     202  204    0  203
  204 A     203  205    0  204
  205 G     204  206  253  205
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  207 C     206  208  251  207
  208 C     207  209  250  208
  209 A     208  210    0  209
  210 A     209  211    0  210
  211 A     210  212    0  211
  212 U     211  213    0  212
  213 A     212  214    0  213
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  215 G     214  216  244  215
  216 G     215  217  243  216
  217 G     216  218  242  217
  218 G     217  219  241  218
  219 A     218  220  240  219
  220 C     219  221  239  220
  221 U     220  222    0  221
  222 A     221  223    0  222
  223 U     222  224    0  223
  224 A     223  225  238  224
  225 G     224  226  237  225
  226 A     225  227  236  226
  227 G     226  228  235  227
  228 U     227  229  234  228
  229 G     228  230    0  229
  230 G     229  231    0  230
  231 C     230  232    0  231
  232 C     231  233    0  232
  233 C     232  234    0  233
  234 G     233  235  228  234
  235 C     234  236  227  235
  236 U     235  237  226  236
  237 C     236  238  225  237
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  239 G     238  240  220  239
  240 U     239  241  219  240
  241 C     240  242  218  241
  242 C     241  243  217  242
  243 C     242  244  216  243
  244 C     243  245  215  244
  245 G     244  246    0  245
  246 G     245  247    0  246
  247 G     246  248    0  247
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  249 U     248  250    0  249
  250 G     249  251  208  250
  251 G     250  252  207  251
  252 U     251  253  206  252
  253 C     252  254  205  253
  254 G     253  255    0  254
  255 C     254  256    0  255
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  257 U     256  258    0  257
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  259 A     258  260    0  259
  260 G     259  261  279  260
  261 G     260  262  278  261
  262 C     261  263  277  262
  263 C     262  264  276  263
  264 U     263  265  275  264
  265 C     264  266  274  265
  266 U     265  267  273  266
  267 G     266  268  272  267
  268 G     267  269    0  268
  269 U     268  270    0  269
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